Mikrobiota

Mikrobiota je raspon mikroorganizama koji mogu biti komensalni, simbiotski ili patogeni koji se nalaze u i na svim višećelijskim organizmima, uključujući biljke. Mikrobiota uključuje bakterije, arheje, protiste, gljive i viruse,^[2][3] i utvrđeno je da su ključni za imunsku, hormonsku i metaboličku homeostazu njihovog domaćina.

Termin mikrobiom opisuje ili kolektiv mikrobnih genoma u ekološkoj niši ili unutar samih mikroba.^[4][5][6]

Mikrobiom i domaćin pojavili su se tokom evolucije kao sinergijska jedinica iz epigenetičkih i genetičkih karakteristika, ponekad zajednički nazvani holobiont.^[7][8] Prisutnost mikrobiote u crijevima ljudi i ostalih metazoa je ključna za razumijevanje koevolucije između metazoa i bakterija.^[9][10] Mikrobiota ima ključnu ulogu u imunskim i metaboličkim odgovorima crijeva putem svojih proizvoda fermentacije (kratkolančana masna kiselina), acetat.^[11]

bakterije|bakterija]] na ljudskoj koži

Sve biljke i životinje, od jednostavnih oblika života do ljudi, žive u bliskoj vezi sa mikrobnim organizmima.^[12] Nekoliko napredaka je dovelo do percepcije mikrobioma, uključujući:

• sposobnost izvođenja analize genomske i genske ekspresije pojedinačnih ćelija i čitavih mikrobnih zajednica u disciplinama metagenomika i metatranskriptomika^[13]
• baze podataka dostupne istraživačima iz više disciplina^[13]
• metodi matematičke analize pogodne za složene skupove podataka^[13]

Biolozi su shvatili da mikrobi čine važan dio fenotipa organizma, daleko izvan povremene simbiotske studije slučaja.^[13]

1. ^ Dastogeer, K.M., Tumpa, F.H., Sultana, A., Akter, M.A. and Chakraborty, A. (2020) "Plant microbiome–an account of the factors that shape community composition and diversity". Plant Biology , 23: 100161. doi:10.1016/j.cpb.2020.100161. Materijal je kopiran iz ovog izvora, koji je dostupan na linku Creative Commons Attribution 4.0 International License.
2. ^ De Sordi, Luisa; Lourenço, Marta; Debarbieux, Laurent (2019). "The battle within: interactions of bacteriophages and bacteria in the gastrointestinal tract". Cell Host & Microbe. 25 (2): 210–18. doi:10.1016/j.chom.2019.01.018. PMID 30763535. S2CID 73455329.
3. ^ Peterson, J; Garges, S; et al. (2009). "The NIH Human Microbiome Project". Genome Research. NIH HMP Working Group. 19 (12): 2317–23. doi:10.1101/gr.096651.109. PMC 2792171. PMID 19819907.
4. ^ {{cite journal |last1=Backhed|first1=F. |last2=Ley|first2=R. E. |last3=Sonnenburg|first3=J. L. |last4=Peterson|first4=D. A. |last5=Gordon |first5=J. I. |year=2005 |title=Host-Bacterial Mutualism in the Human Intestine |journal=[[Science |volume=307 |issue=5717 |pages=1915–20 |bibcode=2005Sci...307.1915B |doi=10.1126/science.1104816 |pmid=15790844 |s2cid=6332272}}
5. ^ Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Hamady, M.; Fraser-Liggett, C. M.; Knight, R.; Gordon, J. I. (2007). "The Human Microbiome Project". Nature. 449 (7164): 804–10. Bibcode:2007Natur.449..804T. doi:10.1038/nature06244. PMC 3709439. PMID 17943116.
6. ^ Ley, R. E.; Peterson, D. A.; Gordon, J. I. (2006). "Ecological and Evolutionary Forces Shaping Microbial Diversity in the Human Intestine". Cell. 124 (4): 837–48. doi:10.1016/j.cell.2006.02.017. PMID 16497592. S2CID 17203181.
7. ^ Salvucci, E. (2016). "Microbiome, holobiont and the net of life". Critical Reviews in Microbiology. 42 (3): 485–94. doi:10.3109/1040841X.2014.962478. PMID 25430522. S2CID 30677140.
8. ^ Guerrero, R.; Margulis, Lynn; Berlanga, M. (2013). "Symbiogenesis: The holobiont as a unit of evolution". International Microbiology. 16 (3): 133–43. doi:10.2436/20.1501.01.188. PMID 24568029.
9. ^ Davenport, Emily R et al. "The human microbiome in evolution". BMC Biology. vol. 15,1 127. 27 Dec. 2017, doi:10.1186/s12915-017-0454-7
10. ^ "Evolution of the human gut flora". Andrew H. Moeller, Yingying Li, Eitel Mpoudi Ngole, Steve Ahuka-Mundeke, Elizabeth V. Lonsdorf, Anne E. Pusey, Martine Peeters, Beatrice H. Hahn, Howard Ochman. Proceedings of the National Academy of Sciences. Nov 2014, 111 (46) 16431-35; doi: 10.1073/pnas.1419136111
11. ^ Jugder, Bat-Erdene; Kamareddine, Layla; Watnick, Paula I. (2021). "Microbiota-derived acetate activates intestinal innate immunity via the Tip60 histone acetyltransferase complex". Immunity. 54 (8): 1683–97.e3. doi:10.1016/j.immuni.2021.05.017. ISSN 1074-7613. PMC 8363570 Provjerite vrijednost parametra |pmc= (pomoć). PMID 34107298 Provjerite vrijednost parametra |pmid= (pomoć).
12. ^ Mendes, R.; Raaijmakers, J.M. (2015). "Cross-kingdom similarities in microbiome functions". The ISME Journal. 9 (9): 1905–1907. doi:10.1038/ismej.2015.7. PMC 4542044. PMID 25647346.
13. ^ ^{a b c d} Bosch, T. C. G.; McFall-Ngai, M. J. (2011). "Metaorganisms as the new frontier". Zoology. 114 (4): 185–190. doi:10.1016/j.zool.2011.04.001. PMC 3992624. PMID 21737250.